Tantárgy adatlapja
Tárgy neve: Data Analysis in Molecular Diagnostics
Tárgy kódja: P-ITMED-0012
Óraszám: N: 2/2/0, L: 0/0/0
Kreditérték: 5
Az oktatás nyelve: angol
Követelmény típus: Kollokvium
Felelős kar: ITK
Felelős szervezeti egység: Pázmány Péter Katolikus Egyetem Információs Technológiai és Bionikai Kar
Tárgyfelelős oktató:
Dr. Ligeti Balázs
Tárgyleírás:
Advanced course inBioinformatics. The aim of the course is to provide deeper and hands onknowledge in the fields of bioinformatics working with big data, especiallydealing with large scale sequencing data. DNA sequencing, covering the topicsof metagenomics, exome sequencing, RNA-seq, etc. Algorithms and statisticalmethods to gain novel information of biological data such as NGS algorithms(BWT, FM-index). Modern data representations and frameworks (i.e. networkanalysis docker containers, working in HPC environment, SPARK). Understanding and designing capability ofcomplex pipelines. Modern machine learning algorithms in biology (CART, LASSO,T-SNE, PCA, permanova). R and Python data science platforms. Datavisualisations.
