Tantárgy adatlapja

Oktatás célja: a hallgatók megismertetése a biomolekulák szerkezetének leírására és elemzésére használt eljárásokkal

Tantárgy tartalma: Makromolekulák térszerkezetének reprezentációja, a Protein Data Bank. Meghatározott térszerkezetek minődéségének ellenőrzése. Másodlagos szerkezetei elemek jhozzárendelése 3D szerkezetek alapján. Szerkezeti domének azonosítása. Háromdimenziós szerkezetek összehasonlítása és illesztése, szerkezetosztályozó adatbázisok. Funkció jóslása térszerkezet alapján, fontos aminosavakj és kontaktusok azonosítása. Bevezetés a fehérjeszerkezet-jóslásba. Membnrántopológia jóslása és membránfehérjék analízise. A belső dinamika felhasználása reprezentációkban. Fehérjeszerkezetek evolúciós vizsgálatokban. Nukleinsavak térszerkezetének elemzése. Fehérje-ligandum kölcsüönhatások.

Számonkérési és értékelési rendszere: A félév során 6 beadandó feladat (60%), rövid írásbeli vizsga (25%), majd szóbeli beszélgetés (15%). Maximálisan 15% extra pont szerezhető plusz feladatokkal)

Irodalom:

1. Gu és Bourne (szerk.): Structural Bioinformatics, 2nd. Edition (Wiley-Blackwell, 2009)

2. Frishman (szerk): Structural bioinformatics of membrane proteins (Springer, 2010)

3. Az előadáshoz tartozó elektronikus anyagok

DESCRIPTION IN ENGLISH 

Aim of the course: Introducing the methods used for the representation and analysis of biomolecular structures

Contents of the course:
Structural representations of macromolecular structures, the Protein Data Bank and
the PDB file format. Quality assessment of experimentally solved macromolecular
structures. Assignment of secondary structural elements in 3D structures. Detection
of domains. Algorithms for 3D structure comparison and alignment, structural
classification databases. Predicting protein function from structure, identifying
functionally important residues and contacts. Introduction to protein structure
prediction methods. Analysis of membrane proteins. Including internal dynamics in
structural representations. Using protein structures in evolutionary studies.

Evaluation:  6 assignment tasks during the semester (60%), short written exam (25%) followed by an oral one (15%). A maximum of extra 15% can be achieved with completing additional tasks.

Literature:

1. Gu és Bourne (eds.): Structural Bioinformatics, 2nd. Edition (Wiley-Blackwell, 2009)

2. Frishman (ed.): Structural bioinformatics of membrane proteins (Springer, 2010)

3. Electronic slides of the lectures
   

A tárgy az alábbi képzéseken vehető fel

Keresés

Képzés neve	Képzéskód	Képzési szint	Tagozat	Képzés nyelve	Félévszám	Felelős kar
Nincs megjeleníthető adat