Tantárgy adatlapja
| Tantárgy neve: | Applied Systems Biology P-TIBIO-0051 |
|---|---|
| Tárgyfelelős: | Csikász-Nagy Attila István |
| Tantárgy oktatója: | Csikász-Nagy Attila István |
| A tantárgy céljának rövid ismertetése: | A kurzus célja a legújabb és legfontosabb rendszerbiológiai alkalmazások ismertetése, a korszerű kutatási témák és eredmények bemutatása az adott szakterület művelőinek bevonásával, minél szélesebb palettát lefedve. |
| Elsajátítandó elméleti ismeretanyag: | Helyi és meghívott előadók mutatják be az alapvető megfontolásokat és konkrét kutatási eredményeket. A területek között szerepelnek pl: biológiai hálózatok, mintázatok hálózatokban, sztochasztikus szimulációk, logikai modellezés, teljes sejtes modellek, metabolikus hálózatok, sejtciklus modellezés, cirkadián ritmus, neuronok modellezése, autofágia, tumorbiológiai modellek stb. A kurzus konkrét anyaga az adott félévben elérhető előadókhoz igazodik. |
| Elsajátítandó gyakorlati ismeretanyag: | A bemutatott kutatásokhoz kapcsolódó módszertani megfontolások, illetve az eredmények kritikus elemzése. |
| A 2-4 legfontosabb kötelező irodalom felsorolása bibliográfiai adatokkal (szerző, cím, kiadás adatai, (esetleg oldalak), ISBN): | Edda Klipp et al. Systems biology: a textbook. Wiley, 2016. ISBN: 9783527336364. Uri Alon: An introduction to systems biology: design principles of biological circuits. Chapman & Hall, 2019. ISBN: 9781439837177. |
| A 2-4 legfontosabb ajánlott felsorolása bibliográfiai adatokkal (szerző, cím, kiadás adatai, (esetleg oldalak), ISBN): | Gerda de Vries (szerk): A course in mathematical biology: quantitative modeling with mathematical and computational methods. Society for Industrial and Applied Mathematics, 2006. ISBN: 9780898716122. Eberhard Voit, Melissa L. Kemp: A first course in systems biology. Garland Science, 2025. ISBN: 9781032515434. |
| Elmélet-gyakorlat aránya: | Elméleti óra óraszáma: 4 Gyakorlati óra és labor óra óraszáma: 0 + 0 |
| Az alkalmazott oktatási módszerek: |
|
| Az értékelés módja: | |
| Az értékelés kritériuma: | Frontális előadás vetített diasorral, az egyes előadók által bemutatott témakörökhöz kapcsolódó szakcikkek elérhetővé tételével és “journal club” keretében történő közös megbeszélésével, a diákok által tartott előadások alapján. Minden hallgatónak kell előadást tartania, és a félév legvégén egy kerekasztalbeszélgetésen újra áttekintjük a feldolgozott témákat, szakcikkeket. |
| Miként járul hozzá a tantárgy a KKK-ban megjelölt kompetenciaelemek megszerzéséhez: | Bioinformatika mesterképzés: A2: A bemutatott példák révén a hallgatók megismerik a konkrét feladatokhoz alkalmazható eljárások alapjait és a a konkrét munkafolyamatokat A4: A journal club során a hallgatók áttekintik és értelmezik a hallott problémák informatikai és biológiai alapjait A5: A kurzusban hangsúlyosan a rendszerbiológiai modellezési eljárások és komplex rendszerek matematikai leírása jelenik meg, a konkrét témáktól függően kapcsolódva a többi felsorolt területhez B1: A bemutatott példák elemzése elősegíti az azokhoz hasonló területeken felmerülő problémák gyakorlati megoldását B2: A hallgatók a példákon keresztül elmélyednek a bioinformatikai módszerek alkalmazásaiban B4: A journal clubok során a hallgatók ütköztetik és megvédik szakmai véleményüket B6: A bemutatott példákban expliciten jelenik meg egyes összetett rendszerek elemzése, az ahhoz szükséges eszköztárral B9: A journal club keretében a hallgatók mélységében dolgozzák fel a témákhoz tartozó szakmai anyagokat, szakirodalmat C1: A bemutatott példák mind korszerű, magas szintű munkafolyamatokat mutatnak be, azok biológiai relevanciájának elemzésével C3: A journal clubok keretében a hallgatók kritikusan elemzik a bemutatott munkákban meghozott szakmai döntéseket C4: A journal club alkalmakkor a hallgatóknak alkalmuk van egymás megállapításait értékelni, azokra reflektálni C6: A bemutatott példák szélesítik a hallgatók látókörét és inspirálják őket új aspektusok elemzésére C7: A megismert kutatások és azok kritikus megvitatása elősegíti a hallgatók szakterülethez kapcsolódó kreatív gondolkodásának fejlődését D3: A bemutatott alkalmazások példaként szolgálnak a különböző szakterületek közötti produktív együttműködésre |
