huen

Tantárgy adatlapja

Tárgy neve: Számítógépes rendszerbiológia II.
Tárgy kódja: P-ITBIO-0016
Óraszám: N: 1/1/0, L: 0/0/0
Kreditérték: 3
Az oktatás nyelve: magyar
Követelmény típus: Kollokvium
Felelős kar: ITK
Felelős szervezeti egység: Pázmány Péter Katolikus Egyetem Információs Technológiai és Bionikai Kar
Tárgyfelelős oktató: Dr. Csikász-Nagy Attila István
Tárgyleírás:

Tantárgy neve:Számítógépes rendszerbiológia II.
P-ITBIO-0016
Tárgyfelelős:Csikász-Nagy Attila István
Tantárgy oktatója:Csikász-Nagy Attila István
A tantárgy céljának rövid ismertetése:A számítógépes rendszerbiológiai modellezési módszereit alkalmazzuk valós biológiai kérdések megválaszolására. Az előző félév tudásanyagára alapozva, itt az alkalmazandó módszerek és szoftverek különböző biológiai modelleken keresztül kerülnek bemutatásra és ezekből kiindulva a diákok csoportmunka keretében fejlesztik majd ki saját modelljeiket valós biológiai problémák vizsgálatára.
Elsajátítandó elméleti ismeretanyag:

A félév előadásainak témái:

  • Bevezetés, az első félév anyagának áttekintése, folyamatkalkulus – előadás
  • A zaj szerepe a biológiában, sztochasztikus modellezés, Gillespie-módszer – előadás
  • Logikai modellek, Boole-algebra – előadás
Elsajátítandó gyakorlati ismeretanyag:

A félév gyakorlati óráinak témái:

  • Boole-modellek szimulációja – gyakorlat
  • Biológiai hálózatok elemzése, STRING adatbázis, Cytoscape – gyakorlat
  • Modellfejlesztés, érzékenységvizsgálat, paraméterbecslés, sztochasztikus modellek COPASI-val – gyakorlat
  • Bifurkációanalízis, matematikai modellek adatbázisai – gyakorlat
  • Metabolikus kontrollanalízis és fluxusegyensúly-analízis – gyakorlat
  • Konzultáció a projekthez
  • A projekt­eredmények bemutatása és megbeszélése
A 2-4 legfontosabb kötelező irodalom felsorolása bibliográfiai adatokkal (szerző, cím, kiadás adatai, (esetleg oldalak), ISBN):Klipp, E., Liebermeister, W., Wierling, C., Kowald, A., & Herwig, R. (2016). Systems biology. a textbook. John Wiley & Sons. ISBN: 978-3-527-33636-4, 2016. ISBN: 9783527336364.
A 2-4 legfontosabb ajánlott felsorolása bibliográfiai adatokkal (szerző, cím, kiadás adatai, (esetleg oldalak), ISBN):Alon, U. (2019). An introduction to systems biology. design principles of biological circuits. Chapman and Hall/CRC, 2019.
Elmélet-gyakorlat aránya:Elméleti óra óraszáma: 1
Gyakorlati óra és labor óra óraszáma: 1 + 0
Az alkalmazott oktatási módszerek:Zárthelyi dolgozat az előadások anyagából számít a végső jegy 40%-ban, a félév végi projekt bemutatóra kapott pont pedig a jegy 60%-ban. Ez alapján kapható megajánlott jegy, ami vizsgán javítható.
Az értékelés módja:Kollokvium
Az értékelés kritériuma:Projektbemutatót mindenkinek kell tartania.
Miként járul hozzá a tantárgy a KKK-ban megjelölt kompetenciaelemek megszerzéséhez:

Molekuláris bionika mérnöki alapképzés:
Az adatgyűjtés és statisztikai kiértékelés és a számítógépes modellezés és szimuláció révén a hallgatók gyakorlatot szereznek a biológiai adatok elemzésében, a modellek helyes értelmezésében és a módszerek tudatos megválasztásában. A számítógépes laborok és projektfeladatok erősítik az önálló munkavégzést, a reprodukálható elemzést és az eredmények dokumentálását.

A tárgy az alábbi képzéseken vehető fel
molekuláris bionika mérnöki IANI-MB alapképzés (BA/BSc/BProf) Nappali magyar 7 félév ITK
szechenyi-img-alt